在高剪切乳化機的保養與養護中，清洗工作是其中一項重要的步驟。在食品、制藥、日化以及化工工業混合生產中，常見的清洗方法有：浸泡清洗法、刷洗清洗法、超聲波清洗法、CIP清洗系統以及噴射清洗法。
根據高剪切乳化機設備的規格大小、設計的復雜程度、所加工的物料的不同，所適合的清洗方法也會有所不同。比如一般的物料，小型設備，清洗方式則會稍微簡單，遇到化學成分特殊的物料清洗方式，清洗劑也需特殊選擇，具體根據實際需求來做選擇。
常見的高剪切乳化機清洗方法
1、浸泡清洗法 利用一定溫度和濃度的清洗劑的化學能和熱能來軟化或溶解粘附在罐里的殘留物質，是一種簡單易操作的清洗方式。
2、 噴射清洗法 在一定的壓力下，洗滌劑或清水通過一定形狀的噴嘴對高剪切乳化機設備的需要清洗的部位進行噴射,去除污物，是一種常用的清洗方法。
3、刷洗 用旋轉洗刷將污物刷洗掉，去污效果比較好。
4、超聲波清洗
一些清潔度要求較高的高剪切乳化機設備,采用一般的清洗方式可能達不到清潔要求，這種情況下，可選擇超聲波的清洗方式。
5、CIP清洗系統
俗稱就地清洗系統，被廣泛的用于飲料、乳品、果汁、果漿、果醬、酒類等機械化程度較高的食品飲料生產企業中。對衛生級別要求較嚴格的生產設備，也可采用CIP清先方式。
清洗方式可以針對單臺高剪切乳化機設備，也可以針對整個乳化機組生產線，不同的設備組合方式，所采用的清洗方式也會有所不同，大型或多數量生產設備以及清潔度要求越高，所選擇的清洗方式則越復雜。
